Војномедицинска академија је основана указом кнеза Александра Карађорђевића . 2. марта 1844. године, као прва централна војна болница. Један од њених лекара је био и др Владан Ђорђевић, оснивач српске хирургије. Године 1909. установа је пресељена у нову зграду са 400 болесничких постеља, лабораторијом, кабинетом за рентген, стоматолошким одељењем и сл. Већ у то време је важила за најмодернију здравствену установу на Балкану. Након завршетка И светског рата, лекари ове болнице су учествовали у оснивању Медицинског факултета у Београду.
Поликлиника ВМА је почела са радом 1. априла 1930. године, а њен први управник је био санитетски генерал др Сава Поповић. Имала је и пријемно одељење на чијем челу је био санитетски потпуковник Александар Милановић. У то време је Стална болница Прве армије преименована у Главну војну болницу Краљевине Југославије. Године 1948. основана је Специјалистичка поликлиника чији је начелник био генерал-мајор Андрија Дејак, а годину дана касније и пријемно одељење које је спојено са поликлиничком службом у јединствену целину. Године 1950. установа је поново преименована и добила је назив Војномедицинска академија.
У периоду од 1949. до 1976. године особље болнице су чинили медицински техничари, док су лекари имали стална постављења на матичним клиникама и одељењима. Временом се мењала организациона структура установе и отворен је велики број нових кабинета, посебно после 1976. године када је знатно увећан број војних осигураника. Од 1945. до 1962. године на ВМА су лечени и цивили, а затим је отворена посебна Специјалистичка поликлиника за грађанска лица. Нова зграда болнице је изграђена 1980. године и налази се на Бањици.
Одлуком Владе Србије од 1. јануара 2008. године извршена је функционална интеграција ВМА у систем јавног здравства Србије. Тиме су створени услови за бесплатно медицинско збрињавање цивилних осигураника, под истим условима као у Клиничком центру Србије.